Didirikan pada tanggal 11 April 1852 oleh Johannes Ellias Teijsmann, seorang kurator Kebun Raya Bogor pada waktu itu, dengan nama Bergtuin te Tjibodas (Kebun Pegunungan Cibodas). Pada awalnya dimaksudkan sebagai tempat aklimatisasi jenis-jenis tumbuhan asal luar negeri yang mempunyai nilai penting dan ekonomi yang tinggi, salah satunya adalah Pohon Kina (Cinchona calisaya). Kemudian berkembang menjadi bagian dari Kebun Raya Bogor dengan nama Cabang Balai Kebun Raya Cibodas. Mulai tahun 2003 status Kebun Raya Cibodas menjadi lebih mandiri sebagai Unit Pelaksana Teknis Balai Konservasi Tumbuhan Kebun Raya Cibodas di bawah Pusat Konservasi Tumbuhan Kebun Raya Bogor dalam kedeputian Ilmu Pengetahuan Hayati Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI).
Lokasi Kebun Raya Cibodas-LIPI berada di Kaki Gunung Gede Pangrango pada ketinggian ± 1300-1425 dpl, dengan luas 125 ha yang berhawa sejuk dengan panorama indah, temperatur rata-rata 18° C, kelembaban 90% dan curah hujan per tahun 3380 mm. Hanya dengan 3 jam perjalanan dari Jakarta (± 100 km) dan 2,5 jam perjalanan dari Bandung (± 80 km), kebun dengan luas 125 ha ini akan menjadi tempat nyaman untuk beristirahat sambil menikmati keindahan berbagai jenis tumbuhan yang berasal dari Indonesia dan negara-negara lain